本部动画《魍魉之匣》的故事以一个叫做杨根的少年为中心展开,他有着不寻常的能力。他的父亲是和平宪师所提出的计划“新世界计划”的负责者。然而就在他准备踏上新的征途时,一切陷入混乱。因为他的家人已经没有办法被安置在新世界中了。在此之外,他还遇到了名叫露卡·米尔菲的奇特少女和一个神秘的少年,后来这个少年被揭示成是“无尽的存在”。当杨根发现一个叫做“匣”的迷宫时,一切就发生了改变了。接下来是一场与敌人的大决战,并且在这过程中,他也发现了许多惊悚和悬疑的事情。最后,杨根和他的朋友们一起面对着“无尽的存在”,并成功地将其击败,但他不能留在新世界中,因为那儿的人都已经失去了生命。于是,这个故事以一首美妙的旋律为结局,以回避那些不公正的事情。